外顯子組（Exome）測序是指利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測序的基因組分析方法。通過高通量測序技術(shù)進(jìn)行外顯子組測序，能夠直接發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)的遺傳突變。相比于全基因組重測序，外顯子組測序更加經(jīng)濟(jì)、高效，更適用于大樣本量疾病及癌癥樣本分析。目前，外顯子組測序技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用到尋找與各種復(fù)雜疾病相關(guān)的致病基因和易感基因的研究中。
服務(wù)優(yōu)勢
● 捕獲效率高、覆蓋度好，確保精確的文庫和高質(zhì)量的數(shù)據(jù)
● Reads分布均一性好，改善測序偏好性
● 自主研發(fā)的基因組數(shù)據(jù)分析方法和算法，提供多種遺傳疾病及腫瘤方向的高級分析
項(xiàng)目流程
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| 腫瘤外顯子組測序 Whole-Exon Sequencing | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 2、 序列基因組比對 3、 變異位點(diǎn)檢測（以下分析為二選一） ????3.1 單樣品變異位點(diǎn)檢測（SNP/InDel） ????3.2 成對樣品體細(xì)胞變異位點(diǎn)檢測（針對腫瘤樣品，Somatic SNP/Somatic InDel/CNV檢測/LOH分析） 4、 變異位點(diǎn)注釋（包括功能區(qū)域、人群頻率、致病性、COSMIC等疾病數(shù)據(jù)庫的注釋） 5、 易感基因篩查 6、 融合基因分析 7、 變異位點(diǎn)匯總（circos圖） （以下分析僅適用成對腫瘤樣品，建議>=10對） 8、 突變特征性分析 9、 高頻突變基因分析 10、 高頻突變基因GO富集分析 11、 高頻突變KEGG通路富集分析 12、 高頻突變基因互作分析 ????12.1 高頻突變基因相關(guān)性分析 ????12.2 高頻突變基因蛋白互作分析 | 1、 腫瘤純度及倍性分析（適用于成對腫瘤樣品） 2、 腫瘤異質(zhì)性及克隆結(jié)構(gòu)分析（適用于>=10成對腫瘤樣品） 3、 顯著CNV區(qū)域分析（適用于>=10成對腫瘤樣品） 4、 腫瘤進(jìn)化樹分析 5、 突變基因位點(diǎn)分布分析 6、 臨床數(shù)據(jù)整合分析（PFS、OS） 7、 臨床用藥建議 ????7.1 靶向用藥預(yù)測 ????7.2 耐藥基因篩選 |
| 遺傳病相關(guān)外顯子組測序 Whole-Exon Sequencing | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 2、 序列基因組比對 3、 變異位點(diǎn)檢測 ????3.1 SNV檢測 ????3.2 InDel檢測 ????3.3 CNV檢測（針對成對樣品） 4、 變異位點(diǎn)注釋 ????4.1 SNV位點(diǎn)注釋 ????4.2 InDel位點(diǎn)注釋 5、 突變位點(diǎn)篩選 6、 突變基因GO功能富集分析 7、 突變基因KEGG通路富集分析 8、 融合基因分析 9、 變異位點(diǎn)匯總（circos圖） | 單基因遺傳病 1、 連鎖分析 2、 共有變異位點(diǎn)篩選 3、 遺傳模式篩選 4、 突變位點(diǎn)分布分析 5、 ROH分析 6、 候選基因分析 7、 基因與疾病關(guān)聯(lián)分析 復(fù)雜疾病 1、 GWAS關(guān)聯(lián)分析 2、 共有變異位點(diǎn)篩選 3、 遺傳模式篩選 4、 突變位點(diǎn)分布分析 5、 新生突變位點(diǎn)檢測 6、 候選基因分析 7、 蛋白互作網(wǎng)絡(luò) 8、 疾病與基因關(guān)聯(lián)分析 |
常見問題
1. 相對于全基因組測序，外顯子有那些優(yōu)勢與不足？
人類的外顯子組約占基因組的1%～2%，包含了蛋白質(zhì)合成的重要信息，是基因行使功能最直接的體現(xiàn)，絕大部分疾病或性狀相關(guān)的變異位于外顯子區(qū)域。與全基因組重測序相比，全外顯子組測序僅針對外顯子區(qū)域內(nèi)部和邊界區(qū)域的DNA進(jìn)行測序，覆蓋度更深，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性更高，可更加經(jīng)濟(jì)、高效地發(fā)現(xiàn)與疾病或表型相關(guān)的個體遺傳變異及罕見突變。人全外顯子組測序技術(shù)已逐步應(yīng)用到單基因致病基因和復(fù)雜疾病易感基因研究中。其不足之處是只能獲得外顯子區(qū)域內(nèi)部及邊界附近的變異信息，很難檢測到基因組內(nèi)大的結(jié)構(gòu)變異。
2. 外顯子組測序的深度要求？
當(dāng)測序深度為6x時，對目標(biāo)區(qū)域的覆蓋度可達(dá)到90%，深度為100x時，reads對外顯子區(qū)域的覆蓋已接近飽和。更高的測序深度對覆蓋度的影響不大，但是能夠增加檢測SNPs及InDels及稀有致病變異位點(diǎn)的準(zhǔn)確性。
