宏基因組測(cè)序，是對(duì)特定環(huán)境樣品中的微生物群落基因組進(jìn)行高通量測(cè)序，以分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，探求微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因組測(cè)序研究擺脫了微生物分離培養(yǎng)的過程，擴(kuò)展了微生物資源的利用空間，為微生物的研究提供了有效工具。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
● 檢測(cè)精度高，可檢測(cè)單個(gè)堿基差異；信息更全面，對(duì)高低豐度的物種基因都能發(fā)現(xiàn)
● 通量高，周期快，單次測(cè)序針對(duì)樣本中所有物種
● 提供全面的抗生素因子分析，可根據(jù)客戶需求提供定制化分析
項(xiàng)目流程
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測(cè)序類型 | 基本分析 | 高級(jí)分析 |
|---|---|---|
| 宏基因組測(cè)序 | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估及QC 2、 去除宿主序列 3、 基因組組裝 4、 基因預(yù)測(cè) 5、 樣品間非冗余基因分析 6、 非冗余基因集豐度計(jì)算 7、 基因功能注釋 ????7.1 KEGG生物通路富集分析 ????7.2 碳水化合物活性酶（CAZyme）注釋 ????7.3 抗生素抗性基因（ARDB）注釋 ????7.4 eggNOG功能注釋 8、 物種組成分析 ????8.1 物種注釋及豐度統(tǒng)計(jì) ????8.2 Rank-Abundance曲線分析 ????8.3 Specaccum物種累積曲線分析 ????8.4 多樣品物種豐度聚類圖 9、 Beta多樣性分析 ????9.1 樣品間距離計(jì)算 ????9.2 樣品間UPGMA聚類分析 ????9.3 樣品間主成份分析（PCA分析，>=10個(gè)樣品） ????9.4 樣品間主坐標(biāo)分析（PCoA分析，>=10個(gè)樣品） ????9.5 非度量多維尺度分析（NMDS） | 1、 單樣本多級(jí)物種組成圖 2、 ANOSIM組間相似性分析 3、 MRPP組間相似性分析 4、 物種軼和檢驗(yàn)差異分析 5、 RDA/CCA相關(guān)分析 6、 物種LEfSe差異分析 7、 STAMP差異分析 7.1 兩組樣本W(wǎng)elch’s t-test分析 7.2 兩個(gè)樣本Fisher’s exact test分析 7.3 多組樣本ANOVA |
常見問題
1. 宏基因組測(cè)序的樣品制備有什么要求？
宏基因組測(cè)序需提供樣品量≥3g、樣品濃度≥30ng/μl的DNA樣品，無蛋白質(zhì)、RNA或肉眼可見污染。需提供凝膠電泳圖，要求凝膠電泳圖顯示主帶明顯可辨。
2. 相比于單個(gè)個(gè)體的研究，宏基因組測(cè)序有哪些優(yōu)勢(shì)？
微生物通常是以群落方式共生于某一小生境中，它們的很多特性是基于整個(gè)群落環(huán)境及個(gè)體間的相互影響的，因此宏基因組研究比做單個(gè)個(gè)體的研究更能發(fā)現(xiàn)其特性；宏基因組研究無需分離單個(gè)細(xì)菌，適用于研究那些不能被實(shí)驗(yàn)室分離培養(yǎng)的微生物。
3. 16S rDNA測(cè)序和宏基因組de novo測(cè)序有什么不同？
16S rDNA測(cè)序是針對(duì)細(xì)菌核糖體小亞基的特定高變區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，反映物種的進(jìn)化關(guān)系及群落多樣性。宏基因組de novo測(cè)序測(cè)定整個(gè)環(huán)境中所有微生物的基因組，不僅可以反映物種進(jìn)化關(guān)系及群落多樣性，還可以分析物種組成、功能注釋等，相比16S rDNA可分析的層面更廣泛更全面，成本也較高。
