在真核生物中，RNA結(jié)合蛋白（RNA Binding Protein，RBP）種類繁多，在RNA剪切、轉(zhuǎn)運、序列編輯、胞內(nèi)定位及翻譯控制等多個轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過程中起著重要作用，因此了解RBP蛋白的功能對解開人類疾病有著重大意義。
CLIP-Seq，即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序（Cross-Linking and Immunoprecipitation High Throughput Sequencing），是一項在全基因組水平揭示RNA與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。
近年來，該技術(shù)廣泛應(yīng)用于miRNA靶標(biāo)鑒定等研究方向。在動物體內(nèi)，成熟的單鏈miRNA與一系列蛋白形成miRNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物（RISC），結(jié)合于靶mRNA的3’UTR區(qū)，阻止所結(jié)合的mRNA的翻譯或直接降解靶mRNA。通過CLIP-Seq技術(shù)在全基因組范圍內(nèi)鑒定RISC中AGO2蛋白與RNA的結(jié)合位點，能夠明顯地降低miRNA結(jié)合位點預(yù)測的假陽性，并縮小miRNA結(jié)合位點搜尋空間的范圍。
服務(wù)優(yōu)勢
● 準(zhǔn)確性高：從活細(xì)胞交聯(lián)開始，真實反應(yīng)體內(nèi)環(huán)境下分子間相互作用
● 特異性強(qiáng)：紫外輻射不會造成蛋白和蛋白之間的交聯(lián)，特異性鑒定蛋白和RNA之間的相互作用
● 應(yīng)用廣泛：特別適用于剪接因子RNA結(jié)合圖譜、miRNA作用靶點等研究
項目流程
生物信息學(xué)分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| CLIP測序 （有參考基因組） | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評估及QC 2、 rRNA Reads過濾 3、 參考基因組比對分析 4、 唯一比對reads的分布統(tǒng)計 5、 數(shù)據(jù)的可視化 6、 結(jié)合峰檢測 7、 結(jié)合峰注釋及統(tǒng)計 8、 基因表達(dá)分析 9、 結(jié)合峰的motif檢測 10、 共有及特有peak分析 11、 差異結(jié)合峰檢測 12、 差異Peak相關(guān)基因KEGG通路富集分析（僅限于模式物種） 13、 差異Peak相關(guān)基因GO富集分析（僅限于模式物種） | 1、 基因表達(dá)差異分析 2、 與其他測序數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析 |
常見問題
1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么區(qū)別？
它們都是檢測RNA與RNA結(jié)合蛋白相互作用的技術(shù)。CLIP與RIP的關(guān)鍵差異在于紫外交聯(lián)和沉淀復(fù)合物后的凝膠純化步驟。CLIP技術(shù)可以給RNA-蛋白復(fù)合物的RNA末端帶上放射性或非放射性標(biāo)記，并將這些復(fù)合物進(jìn)SDS-PAGE分離，這樣增加了特異性，并提高了cDNA文庫質(zhì)量。
2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪種測序方式？
CLIP-Seq測序一般采用SE50的測序模式，因為CLIP得到的RNA片段長度一般較小。而RIP得到的RNA片段則相對偏長，則可以根據(jù)實際質(zhì)檢長度和研究目的選擇SE50或PE150測序模式。簡而言之，測序策略的選取主要取決于IP后RNA的長度。
