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在真核生物中，RNA結(jié)合蛋白(RNA Binding Protein，RBP)種類(lèi)繁多，在RNA剪切、轉(zhuǎn)運(yùn)、序列編輯、胞內(nèi)定位及翻譯控制等多個(gè)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過(guò)程中起著重要作用，因此了解RBP蛋白的功能對(duì)解開(kāi)人類(lèi)疾病有著重大意義。RNA Immunoprecipitation(RIP)作為研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過(guò)程的有力工具。利用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，然后經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測(cè)序分析，利用該技術(shù)有望發(fā)現(xiàn)多種RNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
● 全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：可在全轉(zhuǎn)錄組范圍對(duì)蛋白結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行篩選與鑒定
● 高靈敏度：每個(gè)樣本可獲得數(shù)百萬(wàn)條的序列標(biāo)簽，檢測(cè)轉(zhuǎn)錄本上更多的蛋白結(jié)合位點(diǎn)
● 高精確率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準(zhǔn)確區(qū)分真實(shí)事件與噪音
參考文獻(xiàn)
[1] Wan L, Yu W, Shen E, et al. SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer[J]. Gut, 2019, 68(1): 118-129. （IF：17.943? 銳博服務(wù)：RIP-Seq? 研究領(lǐng)域：結(jié)直腸癌? 浙江大學(xué)）
項(xiàng)目流程
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測(cè)序類(lèi)型 | 基本分析 | 高級(jí)分析 |
|---|---|---|
| RIP-seq測(cè)序 （有參考基因組） | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估及QC 2、 rRNA Reads過(guò)濾 3、 參考基因組比對(duì)分析 4、 唯一比對(duì)reads的分布統(tǒng)計(jì) 5、 數(shù)據(jù)的可視化 6、 結(jié)合峰檢測(cè) 7、 結(jié)合峰注釋及統(tǒng)計(jì) 8、 基因表達(dá)分析 9、 結(jié)合峰的motif檢測(cè) 10、 共有及特有peak分析 11、 差異結(jié)合峰檢測(cè) 12、 差異Peak相關(guān)基因KEGG通路富集分析（僅限于模式物種） 13、 差異Peak相關(guān)基因GO富集分析（僅限于模式物種） | 1、 基因表達(dá)差異分析 2、與其他測(cè)序數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析 |
常見(jiàn)問(wèn)題
1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么區(qū)別？
它們都是檢測(cè)RNA與RNA結(jié)合蛋白相互作用的技術(shù)。CLIP與RIP的關(guān)鍵差異在于紫外交聯(lián)和沉淀復(fù)合物后的凝膠純化步驟。CLIP技術(shù)可以給RNA-蛋白復(fù)合物的RNA末端帶上放射性或非放射性標(biāo)記，并將這些復(fù)合物進(jìn)SDS-PAGE分離，增加了特異性，并提高了cDNA文庫(kù)質(zhì)量。
2. CLIP-Seq和RIP-Seq采用哪種測(cè)序方式？
CLIP-Seq測(cè)序一般采用SE50的測(cè)序模式，因?yàn)镃LIP得到的RNA片段長(zhǎng)度一般較小。而RIP得到的RNA片段則相對(duì)偏長(zhǎng)，則可以根據(jù)實(shí)際質(zhì)檢長(zhǎng)度和研究目的選擇SE50或PE150測(cè)序模式。簡(jiǎn)而言之，測(cè)序策略的選取主要取決于IP后RNA的長(zhǎng)度。
