環(huán)狀RNA(circular RNA，circRNA)是近年來發(fā)現(xiàn)的一類特殊的非編碼RNA，大量存在于真核細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)，主要由pre-mRNA通過可變剪切加工產(chǎn)生，具有很多重要的調(diào)控功能。circRNA可以作為競爭性內(nèi)源RNA(competing endogenous RNA，ceRNA)結(jié)合胞內(nèi)miRNA，阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用。除此以外，circRNA也具有調(diào)控其它類型RNA、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)活性等功能。circRNA在不同物種中具有保守性，而且存在組織表達(dá)差異，其環(huán)狀結(jié)構(gòu)對RNase不敏感，所以它比線性RNA更為穩(wěn)定。越來越多的研究發(fā)現(xiàn)，circRNA在開發(fā)新型疾病診斷與治療方法上具有巨大潛力且意義重大。
服務(wù)優(yōu)勢
1、去rRNA、去線性RNA針對環(huán)狀RNA建庫，排除了線性RNA干擾
2、有效提高數(shù)據(jù)可靠性及檢測效率，可檢測到低豐度的稀有環(huán)狀RNA
3、針對環(huán)狀RNA開發(fā)出相應(yīng)的分析方法和算法，深度挖掘環(huán)狀RNA生物學(xué)功能、發(fā)現(xiàn)新的環(huán)狀RNA高級分析下半部分的“去核糖體測序數(shù)據(jù)分析環(huán)狀RNA特有分析”應(yīng)為第4點(diǎn)，下面的為第5點(diǎn)
項(xiàng)目流程
代表性客戶文章
- Wang L, Yi J, Lu L, et al. Estrogen-induced circRNA, circPGR, functions as a ceRNA to promote estrogen receptor-positive breast cancer cell growth by regulating cell cycle-related genes[J]. Theranostics, 2021, 11(4): 1732.
- Yao S, Jia X, Wang F, et al. CircRNA ARFGEF1 functions as a ceRNA to promote oncogenic KSHV-encoded viral interferon regulatory factor induction of cell invasion and angiogenesis by upregulating glutaredoxin 3[J]. PLoS pathogens, 2021, 17(2): e1009294.
- Zhu P, Zhu X, Wu J, et al. IL-13 secreted by ILC2s promotes the self-renewal of intestinal stem cells through circular RNA circPan3[J]. Nature immunology, 2019, 20(2): 183-194.
- Zhang S B, Lin S Y, Liu M, et al. CircAnks1a in the spinal cord regulates hypersensitivity in a rodent model of neuropathic pain[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1-16.
- Yu J, Xu Q, W ang Z, et al. Circular RNA cSMARC A5 inhibits gr owth and metastasis in hepat ocellular carcinoma[J]. Journal of hepatology, 2018, 68(6): 1214-1227.
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| lncRNA測序分析circRNA （有參考基因組物種） | 1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控 2. rRNA Reads過濾 3. 基因組比對 4. 環(huán)狀RNA鑒定 5. 環(huán)狀RNA注釋 6. 環(huán)狀RNA序列預(yù)測 7. 環(huán)化率分析 8. 環(huán)狀RNA表達(dá)值分析 9. 環(huán)狀RNA樣品（組）間表達(dá)差異分析 10. 樣品間相關(guān)性分析 11. 環(huán)狀RNA親本基因KEGG生物通路富集分析 12. 環(huán)狀RNA親本基因的Gene Ontology （GO）功能富集分析 13. 環(huán)狀RNA與miRNA互作分析 14. 環(huán)狀RNA與疾病分析（僅限于人） | 1. 哺乳動物環(huán)狀RNA保守性分析 ????1.1 近緣物種的保守性分析 ????1.2 Phylop保守性分析 2. 環(huán)狀RNA編碼潛能預(yù)測 3. 環(huán)狀RNA可視化 4. 環(huán)狀RNA與其他RNA分子共表達(dá)分析 |
| circRNA測序 （有參考基因組物種） | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)控 2、 rRNA Reads過濾 3、 基因組比對 4、 環(huán)狀RNA鑒定 5、 環(huán)狀RNA注釋 6、 環(huán)狀RNA序列預(yù)測 7、 環(huán)狀RNA表達(dá)值分析 8、 環(huán)狀RNA樣品（組）間表達(dá)差異分析 9、 樣品間相關(guān)性分析 10、 環(huán)狀RNA親本基因KEGG生物通路富集分析 11、 環(huán)狀RNA親本基因的 Gene Ontology （GO）功能富集分析 12、 環(huán)狀RNA與miRNA互作分析 13、 環(huán)狀RNA與疾病分析（僅限于人） | 1、 哺乳動物環(huán)狀RNA保守性分析 ????1.1 近緣物種的保守性分析 ????1.2 Phylop保守性分析 2、 環(huán)狀RNA編碼潛能預(yù)測 3、 環(huán)狀RNA可視化 去核糖體測序數(shù)據(jù)分析環(huán)狀RNA特有分析 4、 外泌體circRNA數(shù)據(jù)庫注釋 |
常見問題
1. 銳博生物是否提供環(huán)狀RNA富集服務(wù)？是否有物種限制？
銳博生物采用專利技術(shù)，可針對人、小鼠、大鼠進(jìn)行成熟的環(huán)狀RNA提取與檢測分析，可接收樣本類型涵蓋組織、細(xì)胞及RNA樣品。其他物種的環(huán)狀RNA提取服務(wù)，請咨詢當(dāng)?shù)劁N售人員。
2. 如果需要銳博協(xié)助提取環(huán)狀RNA，應(yīng)該提供組織、細(xì)胞還是RNA樣品？
針對組織，細(xì)胞或者RNA樣品，我們都擁有成熟的技術(shù)進(jìn)行環(huán)狀RNA提取，客戶可根據(jù)自身需求提供以上任意樣品類型。
因?yàn)榄h(huán)狀RNA提取對總RNA起始量要求較大，為了提高成功率和減少客戶工作量，提取前，銳博需要對源自于組織或細(xì)胞提取的總RNA進(jìn)行檢測，質(zhì)控合格的樣本方可進(jìn)行后續(xù)環(huán)狀RNA分析。
3.建庫測序?qū)ircRNA的量是否有最低要求？
我們只要求total RNA總量在3ug以上，對濃度和體積沒有要求。如客戶樣品體積過大，濃度較低，銳博可提供樣品濃縮服務(wù)，以便進(jìn)行后續(xù)建庫測序。
