外泌體廣泛存在于細(xì)胞上清與外周血、尿液、腹水等體液中，可來(lái)自各種類型細(xì)胞。外泌體的內(nèi)容物含蛋白質(zhì)、脂質(zhì)和核酸等，外泌體的脂膜包裹和保護(hù)，使得內(nèi)容物可以保持其原有穩(wěn)定性和生物學(xué)功能。外泌體RNA特別是非編碼RNA，在不同的疾病模型中存在明顯的表達(dá)差異，有望成為液體活檢的重要分子標(biāo)志物，并揭示疾病發(fā)生的機(jī)理。利用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)可以同時(shí)檢測(cè)其所含RNA分子如lncRNA，mRNA，對(duì)外泌體mRNA、lncRNA等的鑒定和調(diào)控功能進(jìn)行研究。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
1、專利外泌體抽提技術(shù)，配合特有微量RNA建庫(kù)方法，提供lncRNA測(cè)序整體服務(wù)
2、采用3個(gè)外泌體或囊泡數(shù)據(jù)庫(kù)，注釋信息更完善，為深入挖掘結(jié)果提供佐證
3、多種差異表達(dá)計(jì)算方法，可根據(jù)項(xiàng)目情況靈活選擇算法，展現(xiàn)更完美的數(shù)據(jù)
4、全新的比對(duì)軟件，分析速度更快，結(jié)果更準(zhǔn)確
5、提供腫瘤研究的臨床數(shù)據(jù)分析，使得分析結(jié)果更加飽滿。
代表性客戶文章
- Wu Q, Wang J, Tan W L W, et al. Extracellular vesicles from human embryonic stem cell-derived cardiovascular progenitor cells promote cardiac infarct healing through reducing cardiomyocyte death and promoting angiogenesis[J]. Cell death & disease, 2020, 11(5): 1-16.
- Guo N, Zhou Q, Huang X, et al. Identification of differentially expressed circulating exosomal lncRNAs in IgA nephropathy patients[J]. BMC immunology, 2020, 21(1): 1-9.
外泌體研究全面技術(shù)路線
高通量測(cè)序與分析流程
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測(cè)序類型 | 基本分析 | 高級(jí)分析 |
|---|---|---|
| 外泌體lncRNA測(cè)序 | 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估及QC 核糖體RNA去除率計(jì)算 參考基因組比對(duì)與全基因組reads分布圖譜 基因表達(dá)量整體水平 樣品（組）間基因表達(dá)差異分析 差異基因KEGG生物通路富集分析 差異基因 Gene Ontology （GO）功能富集分析 轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量整體水平 已知mRNA表達(dá)量 已知mRNA表達(dá)差異分析 已知ncRNA表達(dá)量 已知ncRNA表達(dá)量差異分析 哺乳動(dòng)物已知ncRNA保守性分析 · 近緣物種的保守性分析 · Phylop保守性分析 SNP和InDel檢測(cè)及注釋 樣品間相關(guān)性分析 樣品間主成分分析 時(shí)間序列分析（與分析5二選一） 以下限50條序列分析（僅限于人、大鼠、小鼠物種） lncRNA靶基因預(yù)測(cè) lncRNA與靶基因互作分析 lncRNA靶基因KEGG生物通路富集分析 lncRNA靶基因Gene Ontology （GO）功能富集分析 | 1、共表達(dá)分析（樣品>=10） 2、lncRNA Disease注釋 3、腫瘤藥物注釋 3.1 腫瘤耐藥基因注釋 3.2腫瘤靶向藥物注釋 4、基因融合分析 5、可變剪切分析（rMATs） 6、lncRNA-miRNA互作分析 7、基因富集分析（GSEA） （每組至少3個(gè)生物學(xué)重復(fù)樣品） 8、加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 （WGCNA）（加權(quán)基因共 表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，樣品>=10） 9、RNA結(jié)合蛋白預(yù)測(cè) 10、已知lncRNA甲基化注釋 11、eRNA分析 12、外泌體特有基因注釋 |
常見(jiàn)問(wèn)題
1.銳博生物提供exosomes中l(wèi)ncRNA測(cè)序和分析的同時(shí)，是否提供exosomes提取服務(wù)，對(duì)樣品有何要求？
利用自主研發(fā)的RiboTM Exosome Isolation Reagent提取試劑盒，銳博可提供人、大小鼠細(xì)胞上清、血清、血漿及其他體液的exosomes提取服務(wù)，通過(guò)大量實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，使用RiboTM Exosome Isolation Reagent可高效提取結(jié)構(gòu)和功能完整的exosomes，產(chǎn)物可用于NGS、細(xì)胞共培養(yǎng)以及體內(nèi)注射等后續(xù)功能實(shí)驗(yàn)。
2.細(xì)胞培養(yǎng)狀態(tài)是否會(huì)影響外泌體的測(cè)序分析結(jié)果？
會(huì)，不同培養(yǎng)條件的細(xì)胞分泌的外泌體量不同；在細(xì)胞凋亡的過(guò)程中，會(huì)釋放大量的凋亡小體和細(xì)胞碎片，凋亡小體也是囊泡狀結(jié)構(gòu)，在外泌體分離時(shí)難以排除凋亡小體，從而影響測(cè)序數(shù)據(jù)。
3.送樣要求有哪些要求？
