全基因組重測序是對已知參考基因組序列的物種進(jìn)行不同個體間的基因組測序，并在此基礎(chǔ)上對個體或群體進(jìn)行差異性分析。通過全基因組重測序，研究人員可以找到大量的單核苷酸變異(Single Nucleotide Variant, SNV)、拷貝數(shù)變異(Copy Number Variation，CNV)、插入缺失(InDel，Insertion/Deletion)、結(jié)構(gòu)變異(Structure Variation，SV)等變異信息，應(yīng)用范圍涉及臨床醫(yī)藥研究、群體遺傳學(xué)研究、組間關(guān)聯(lián)分析、進(jìn)化分析等眾多領(lǐng)域。
隨著測序成本的大幅度降低以及測序效率的數(shù)量級提升，全基因組重測序已經(jīng)成為研究人類疾病及動植物分子育種最為快速有效的方法之一。利用全基因組重測序的方法，可以在全基因組水平上檢測與疾病相關(guān)的突變位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)變異等信息，進(jìn)而尋找攻克這些疾病的治療手段，研發(fā)有效的治療藥物。
服務(wù)優(yōu)勢
● 根據(jù)不同的研究目的和研究方向，定制個性化分析方案
● 嚴(yán)格數(shù)據(jù)質(zhì)控，確保數(shù)據(jù)偏差小、均一性高，真實(shí)反應(yīng)樣本基因組信息
● 提供多種疾病研究的高級分析
項(xiàng)目流程
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| 腫瘤基因組重測序 | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 2、 序列基因組比對 3、 變異位點(diǎn)檢測（以下分析為二選一） ????3.1 單樣品變異位點(diǎn)檢測（SNP/InDel） ????3.2 成對樣品體細(xì)胞變異位點(diǎn)檢測（針對腫瘤樣品，Somatic SNP/Somatic InDel/CNV檢測/LOH分析） 4、 變異位點(diǎn)注釋（包括功能區(qū)域、人群頻率、致病性、COSMIC等疾病數(shù)據(jù)庫的注釋） 5、 基因組結(jié)構(gòu)變異（SV）檢測 6、 易感基因篩查 7、 變異位點(diǎn)匯總（circos圖） （以下分析僅適用成對腫瘤樣品，建議>=10對） 8、 突變特征性分析 9、 高頻突變基因分析 10、 高頻突變基因GO富集分析 11、 高頻突變KEGG通路富集分析 12、 高頻突變基因互作分析 ????12.1 高頻突變基因相關(guān)性分析 ????12.2 高頻突變基因蛋白互作分析 | 1、 腫瘤純度及倍性分析（適用于成對腫瘤樣品） 2、 腫瘤異質(zhì)性及克隆結(jié)構(gòu)分析（適用于>=10成對腫瘤樣品） 3、 顯著CNV區(qū)域分析（適用于>=10成對腫瘤樣品） 4、 腫瘤進(jìn)化樹分析 5、 突變基因位點(diǎn)分布分析 6、 臨床數(shù)據(jù)整合分析（PFS、OS） 7、 臨床用藥建議 ????7.1 靶向用藥預(yù)測 ????7.2 耐藥基因篩選 |
| 遺傳病基因組重測序 | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 2、 序列基因組比對 3、 變異位點(diǎn)檢測 ????3.1 SNV檢測 ????3.2 InDel檢測 ????3.3 CNV檢測（針對成對樣品） 4、 變異位點(diǎn)注釋 ????4.1 SNV位點(diǎn)注釋 ????4.2 InDel位點(diǎn)注釋 5、 突變位點(diǎn)篩選 6、 突變基因GO功能富集分析 7、 突變基因KEGG通路富集分析 8、 基因組結(jié)構(gòu)變異（SV）檢測 9、 變異位點(diǎn)匯總（circos圖） | 單基因遺傳病 1、 連鎖分析 2、 共有變異位點(diǎn)篩選 3、 遺傳模式篩選 4、 突變位點(diǎn)分布分析 5、 ROH分析 6、 候選基因分析 7、 基因與疾病關(guān)聯(lián)分析 復(fù)雜疾病 1、 GWAS關(guān)聯(lián)分析 2、 共有變異位點(diǎn)篩選 3、 遺傳模式篩選 4、 突變位點(diǎn)分布分析 5、 新生突變位點(diǎn)檢測 6、 候選基因分析 7、 蛋白互作網(wǎng)絡(luò) 8、 疾病與基因關(guān)聯(lián)分析 |
常見問題
1. 基因組重測序深度要求？
測序深度(Sequencing Depth)是指測序得到的堿基總量(bp)與基因組大小(Genome)的比值，它是評價測序量的指標(biāo)之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系，測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。
2. 如何驗(yàn)證重測序的結(jié)果？
通過全基因組重測序一般能夠發(fā)現(xiàn)SNP、SV、CNV、InDel等多種遺傳變異，不同的變異類型，其驗(yàn)證方法也各不相同。
1) SNPs可以通過PCR擴(kuò)增包含該SNP位點(diǎn)的區(qū)段，并進(jìn)行測序；或采用SNP分型檢測的方法驗(yàn)證。
2) CNVs可通過Real-time PCR對存在拷貝數(shù)變異的片段進(jìn)行擴(kuò)增，并根據(jù)CT值估算不同個體的拷貝數(shù)變化倍數(shù)。
3) 小的SVs可通過PCR擴(kuò)增和測序辨別，而大的SVs則需要通過亞顯微方法發(fā)現(xiàn)，如FISH等。
4) 小片段的InDels，可通過PCR擴(kuò)增，利用Sanger法測序進(jìn)行驗(yàn)證。
