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真核生物中染色質(zhì)是由DNA和蛋白質(zhì)組成的復(fù)合物，研究DNA和蛋白質(zhì)在染色質(zhì)形式下的相互作用，對(duì)于闡明真核生物的基因表達(dá)機(jī)制具有重要意義。作為研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典實(shí)驗(yàn)方法，染色質(zhì)免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)廣泛應(yīng)用于組蛋白特異性修飾位點(diǎn)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)等研究。整合了染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測(cè)序技術(shù)的ChIP-Seq，是繼ChIP-chip之后，蛋白質(zhì)與DNA相互作用研究的又一技術(shù)突破。
ChIP-Seq采用特異抗體對(duì)目的蛋白進(jìn)行免疫沉淀，分離與目的蛋白結(jié)合的基因組DNA片段，對(duì)其進(jìn)行純化和文庫(kù)構(gòu)建，再通過(guò)高通量測(cè)序的方法，在全基因組范圍內(nèi)尋找目的蛋白的DNA結(jié)合位點(diǎn)，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白或轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA片段信息。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
- 超低量建庫(kù)：ng級(jí)別成功建庫(kù)、經(jīng)驗(yàn)豐富，測(cè)序客戶(hù)多次發(fā)表高分文章
- 全基因組覆蓋：可在全基因組范圍內(nèi)對(duì)蛋白結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行篩選與鑒定
- 有效分析：組蛋白/轉(zhuǎn)錄因子不同分析方案，準(zhǔn)確區(qū)分真實(shí)結(jié)合峰和背景噪音
代表性客戶(hù)文章
- Lai Y, Cao X, Chen J, et al. Coordinated regulation of infection-related morphogenesis by the KMT2-Cre1-Hyd4 regulatory pathway to facilitate fungal infection[J]. Science advances, 2020, 6(13): eaaz1659.
- Zhuang Q , Li W , Benda C , et al. NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming[J]. Nature Cell Biology, 2018, 20(4):25.
- Han X, Yu H, Huang D, et al. A molecular roadmap for induced multi-lineage trans-differentiation of fibroblasts by chemical combinations[J]. Cell research, 2017, 27(3): 386.
項(xiàng)目流程
生物信息學(xué)分析項(xiàng)目
| 測(cè)序類(lèi)型 | 基本分析 | 高級(jí)分析 |
|---|---|---|
| ChIP-seq測(cè)序（有參考基因組） | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估及QC 2、 參考基因組比對(duì)分析 3、 IP質(zhì)評(píng) 4、 數(shù)據(jù)的可視化 5、 結(jié)合峰檢測(cè) 6、 結(jié)合峰（Peak）注釋 7、 結(jié)合峰motif檢測(cè) 8、 差異Peak分析 9、 差異Peak相關(guān)基因KEGG通路富集分析 10、 差異Peak相關(guān)基因GO功能富集分析 | 1、 生物學(xué)重復(fù)性樣品的重現(xiàn)性分析 2、 與其他測(cè)序數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析 |
常見(jiàn)問(wèn)題
1. ChIP-Seq的應(yīng)用范圍有哪些？
ChIP-Seq的數(shù)據(jù)是DNA測(cè)序的結(jié)果，為研究者提供了進(jìn)一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開(kāi)研究：
1）判斷DNA鏈的某一特定位置會(huì)出現(xiàn)何種組蛋白修飾；
2）檢測(cè)RNA polymerase II或其它轉(zhuǎn)錄因子在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精確定位；
3）研究組蛋白共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系。
2. ChIP-Seq對(duì)樣品有什么要求？
ChIP-Seq測(cè)序需提供≥10ng的ChIP富集后的DNA樣品，要求無(wú)蛋白質(zhì)、RNA及肉眼可見(jiàn)污染；DNA片段大小分布在100~500bp范圍，主峰明顯，且在200bp左右。。請(qǐng)?zhí)峁〥NA打斷后的檢測(cè)電泳圖以確定DNA片段大小是否符合要求，并請(qǐng)附加一份詳細(xì)的樣品信息單并提供ChIP后的qPCR驗(yàn)證結(jié)果。
3. 樣品制備過(guò)程中是否需要PCR擴(kuò)增？PCR擴(kuò)增后是否會(huì)影響最終結(jié)果？
ChIP得到的DNA樣品量通常非常少，為了獲得足夠上機(jī)反應(yīng)的DNA量，在文庫(kù)制備過(guò)程中一般需要經(jīng)過(guò)一步PCR擴(kuò)增。如果客戶(hù)提供的DNA樣品量充足，可減少PCR循環(huán)數(shù)或不進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR擴(kuò)增有可能帶來(lái)測(cè)序和分析結(jié)果偏向性。
