16S rDNA測序即16S測序，利用高通量測序技術(shù)檢測特定環(huán)境下的微生物（主要是細菌），結(jié)合生物信息學(xué)分析，提供環(huán)境樣本物種分類、物種豐度、種群結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)進化等諸多信息。16S rDNA是細菌基因組中編碼核糖體16S rRNA分子對應(yīng)的DNA序列，由9個高變區(qū)（V），中間穿插著保守區(qū)組成。對于不同環(huán)境樣品的DNA，擴增其中16S rDNA中V3-V4區(qū)片段，可以區(qū)分鑒定絕大多數(shù)細菌，是最常用的細菌分類標(biāo)準(zhǔn)。
服務(wù)優(yōu)勢
● 超低建庫起始量，無偏差覆蓋低豐度物種
● 拼接效果好，準(zhǔn)確高效鑒定物種
● 自主研發(fā)分析方法，輕松實現(xiàn)樣品菌群組成、組間差異和系統(tǒng)進化分析
代表性客戶文章
- Li N, Yang Z, Liao B, et al. Chronic exposure to ambient particulate matter induces gut microbial dysbiosis in a rat COPD model[J]. Respiratory research, 2020, 21(1): 1-10.
- Wang Y, Wu Y, Wang B, et al. Bacillus amyloliquefaciens SC06 protects mice against high-fat diet-induced obesity and liver injury via regulating host metabolism and gut microbiota[J]. Frontiers in microbiology, 2019, 10: 1161.
- Mai J, Liang B, Xiong Z, et al. Oral administration of recombinant Bacillus subtilis spores expressing Helicobacter pylori neutrophil‐activating protein suppresses peanut allergy via up‐regulation of Tregs[J]. Clinical & Experimental Allergy, 2019, 49(12): 1605-1614.
項目流程
生物信息學(xué)分析項目
| 測序類型 | 基本分析 | 高級分析 |
|---|---|---|
| 16S rDNA測序 | 1、 數(shù)據(jù)質(zhì)量評估及QC 2、 序列拼接 3、 去除嵌合體及短序列分析 4、 OTU統(tǒng)計分析及注釋 5、 物種豐度統(tǒng)計及群落組成分析 6、 Alpha多樣性分析 ????6.1 Alpha多樣性指數(shù)分析 ????6.2 物種多樣性稀釋曲線 7、 Beta多樣性分析 8、 系統(tǒng)進化樹分析 9、 Rank-Abundance分析 10、 樣品間主坐標(biāo)分析（PCoA） 樣品間主成分分析（PCA） | 1、 樣品非加權(quán)配對平均法聚類分析（UPGMA） 2、 組間顯著性差異分析 3、 RDA/CCA分析 4、 非度量多維尺度分析（NMDS |
常見問題
1. 樣品提取DNA質(zhì)量不佳，是否會影響后續(xù)試驗?
環(huán)境樣品尤其是較為極端的樣品，DNA的提取難度較高，較常出現(xiàn)輕微降解，鹽離子污染，屬于正常的現(xiàn)象。可以嘗試PCR擴增V3-V4，如擴增成功可以進行后續(xù)實驗，分析上可能有少許影響。如果是樣品收集過程中導(dǎo)致的DNA降解，建議重新制備樣品。
2. 16S rDNA測序可鑒定到菌何種分類水平？
由于16S rDNA測序是通過擴增某個或某幾個高變區(qū)來檢測，一般可精確到“屬”水平，少數(shù)可鑒定到“種”。對于某些菌，高變區(qū)中序列的相似度非常高；或者區(qū)分不同菌的序列片段不在我們的擴增區(qū)域內(nèi)，均會導(dǎo)致無法鑒定到“種”。
3. 16S rDNA和宏基因組有何區(qū)別？
16S rDNA和宏基因組在分析上不少相同之處，如進行物種分類、豐度分析、菌群比較等。不過16S rDNA的功能預(yù)測準(zhǔn)確度相對較低，只能做到KEGG的第三層級。而宏基因組可以開展基因水平的分析，通過對基因序列進行功能注釋，分析不同基因的基因功能、參與的生物通路和抗生素抗性能力等。研究環(huán)境微生物，通過結(jié)合16S rDNA和宏基因組測序兩種技術(shù)手段，可以更準(zhǔn)確地研究群落組成、多樣性、進化關(guān)系以及基因功能等。
