獨(dú)特的循環(huán)miRNA表達(dá)譜突出了貝赫切特綜合征中的血栓-炎癥

發(fā)表期刊：Ann Rheum Dis

影響因子：19.101

發(fā)表時(shí)間：2021年11月29日

目的：貝赫切特綜合征（BS）是一種罕見(jiàn)的全身性血管炎，常并發(fā)血栓事件。鑒于缺乏有效的生物標(biāo)志物，BS的診斷依賴(lài)于臨床標(biāo)準(zhǔn)。為了尋找用于BS診斷的新生物標(biāo)志物，本研究確定了BS患者相比于健康對(duì)照（HCs）組的血漿循環(huán)microRNAs（ci-miRNAs）表達(dá)譜。

結(jié)果：從微陣列篩選中發(fā)現(xiàn)了29個(gè)失調(diào)（差異表達(dá)，DE）的人類(lèi)ci-miRNAs。聚類(lèi)分析表明，DE ci-miRNAs明確地將患者與對(duì)照組分開(kāi)，獨(dú)立于臨床特征。對(duì)驗(yàn)證隊(duì)列的PTA-PCR分析證實(shí)了miR-224-5p、miR-206和miR-653-5p的失調(diào)。聯(lián)合受試者工作特征（ROC）曲線分析表明，此類(lèi)ci-miRNAs可將BS從HCs中，以及SLE（全身性紅斑狼瘡）和GCA（巨細(xì)胞動(dòng)脈炎）患者中區(qū)分開(kāi)來(lái)。功能注釋分析（FAA）顯示，受DE ci-miRNAs影響的最豐富的通路（即細(xì)胞-基質(zhì)相互作用、氧化應(yīng)激和凝血）與血栓-炎癥機(jī)制有關(guān)。因此，來(lái)自驗(yàn)證隊(duì)列的三個(gè)ci-miRNAs的表達(dá)與白細(xì)胞活性氧的產(chǎn)生和血漿脂質(zhì)過(guò)氧化顯著相關(guān)。

結(jié)論：本研究中鑒定的ci-miRNA表達(dá)譜可能代表了一種新的、侵襲性較差的BS生物標(biāo)志物，同時(shí)表明BS相關(guān)血栓-炎癥的表觀遺傳控制。

Fig1. 差異表達(dá)（DE）循環(huán)microRNA（ci-miRNA）微陣列表達(dá)譜層次聚類(lèi)分析

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34844932/

miRTarBase（2022年更新）：經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的miRNA-靶標(biāo)相互作用的信息資源

發(fā)表期刊：Nucleic Acids Res

影響因子：16.970

發(fā)表時(shí)間：2021年11月30日

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MicroRNAs（miRNAs）是具有18-26個(gè)核苷酸的非編碼RNAs；它們與靶mRNA配對(duì)以調(diào)節(jié)基因表達(dá)并在各種生理和病理過(guò)程中產(chǎn)生顯著變化。近年來(lái)，miRNAs與其靶基因的相互作用已成為藥物開(kāi)發(fā)的主流方向之一。作為一個(gè)主要提供經(jīng)生物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的miRNA-靶點(diǎn)相互作用（MTI）的大型生物數(shù)據(jù)庫(kù)，miRTarBase經(jīng)歷了五次修訂和功能增強(qiáng)。該數(shù)據(jù)庫(kù)已從13389篇文章和CLIP-seq數(shù)據(jù)中積累了>2200449個(gè)經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的MTIs。采用優(yōu)化的評(píng)分系統(tǒng)，以提高本次更新對(duì)MTI相關(guān)文章和相應(yīng)疾病信息的關(guān)鍵識(shí)別能力。此外，與miRNA和靶標(biāo)結(jié)合效率相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性和疾病相關(guān)變異在miRNA和基因3’非翻譯區(qū)中得到表征。研究人員整合了細(xì)胞外囊泡、血液和不同組織的miRNA表達(dá)譜，包括外泌體miRNAs和組織特異性miRNAs，以探索miRNA的功能和生物標(biāo)志物。對(duì)于用戶界面，研究人員對(duì)與miRNA作用相關(guān)的各種驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)進(jìn)行了分類(lèi)，包括RNA表達(dá)、特異性相互作用、蛋白質(zhì)表達(dá)和生物學(xué)功能。研究人員還使用種子序列信息來(lái)評(píng)估m(xù)iRNA的結(jié)合位點(diǎn)。總之，這些功能的增強(qiáng)使mirTarBase成為最適合研究MTI的數(shù)據(jù)庫(kù)之一，其中包含全面且經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的注釋。最新版本的mirTarBase現(xiàn)已在https://miRTarBase.cuhk.edu.cn/上可用。

Fig2. mirTarBase 9.0的突出改進(jìn)

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34850920/

mirgenedb2.1：面向所有主要?jiǎng)游镩T(mén)的完整采樣

發(fā)表期刊：Nucleic Acids Res

影響因子：16.970

發(fā)表時(shí)間：2021年11月25日

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本文描述了MirGeneDB（手動(dòng)管理的microRNA基因數(shù)據(jù)庫(kù)）的更新。遵循microRNA注釋和命名的統(tǒng)一和一致標(biāo)準(zhǔn)，研究人員大幅擴(kuò)展了MirGeneDB，增加了30個(gè)代表之前缺失的后生動(dòng)物門(mén)的物種，如海綿、水母、輪蟲(chóng)和扁形蟲(chóng)。MirGeneDB 2.1現(xiàn)在由75個(gè)物種組成，跨越約8億年的動(dòng)物進(jìn)化過(guò)程，包含來(lái)自1549個(gè)科的16670個(gè)microRNAs。此次更新使用了約550個(gè)數(shù)據(jù)集，約75億個(gè)測(cè)序reads，添加了6000多個(gè)microRNAs。通過(guò)添加新的系統(tǒng)發(fā)育重要物種，尤其是與全基因組復(fù)制事件研究相關(guān)的物種，并通過(guò)更新許多科系和基因的進(jìn)化起源節(jié)點(diǎn)，我們能夠大大改進(jìn)我們的命名系統(tǒng)。所有更改都可以在專(zhuān)門(mén)開(kāi)發(fā)的MirGeneDB版本跟蹤器中進(jìn)行跟蹤。讀取頁(yè)面的性能得到了改進(jìn)，所有組織和物種的microRNA表達(dá)矩陣現(xiàn)在也可以下載。總之，這次更新代表了向所有主要后生動(dòng)物門(mén)的完整采樣邁出了重要的一步，并為比較microRNA基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究奠定了廣泛需要的基礎(chǔ)。MirGeneDB 2.1是RNAcentral和Elixir Norway的一部分，可在http://www.mirgenedb.org/上公開(kāi)免費(fèi)獲取。

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34850127/

microRNAs作為全基因組復(fù)制事件起因和后果的指示因子

發(fā)表期刊：Mol Biol Evol

影響因子：16.244

發(fā)表時(shí)間：2021年12月3日

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全基因組重復(fù)（WGDs）長(zhǎng)期以來(lái)被認(rèn)為是由于在這些事件期間產(chǎn)生的旁系同源物的新功能化而導(dǎo)致形態(tài)復(fù)雜性急劇增加的因果機(jī)制。然而，另一種假設(shè)認(rèn)為，大多數(shù)旁系同源物的保留背后不是新功能化，而是預(yù)期基因產(chǎn)物的相互連接程度，以及WGD本身的模式。本研究通過(guò)檢查有顎類(lèi)脊椎動(dòng)物和螯肢節(jié)肢動(dòng)物中microRNAs (miRNAs) 的分布、表達(dá)和分子進(jìn)化來(lái)探索WGD的原因和后果。研究發(fā)現(xiàn)，雖然miRNA旁系同源物的數(shù)量與譜系內(nèi)經(jīng)歷的WGD的數(shù)量一致，但這些旁系同源物中很少有種子序列發(fā)生變化，因此相對(duì)于它們的mRNA靶標(biāo)而言，它們?cè)诠δ苌鲜堑刃У摹１M管如此，在有顎類(lèi)動(dòng)物中，盡管1R同源四倍體化事件后旁系同源物的保留在兩個(gè)亞基因組中相似，但有顎類(lèi)2R異源四倍體化事件產(chǎn)生的旁系同源物在一個(gè)亞基因組上保留的數(shù)量相對(duì)于第二個(gè)亞基因組更多，其中在首選亞基因組上發(fā)現(xiàn)的miRNA顯示出成熟miRNA轉(zhuǎn)錄本的更高表達(dá)和前體miRNA序列的較慢分子進(jìn)化。重要的是，WGDs不會(huì)導(dǎo)致miRNA新穎性的產(chǎn)生，也不與復(fù)雜性的增加相關(guān)。相反，基因組本身中miRNA種子序列的數(shù)量不僅與復(fù)雜化實(shí)例更好地相關(guān)，而且從機(jī)制上解釋了為什么在建立新的miRNA家族時(shí)復(fù)雜性會(huì)增加。

Fig4. miRNA旁系同源物的出現(xiàn)反映了WGD事件的數(shù)量

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34865078/

腫瘤進(jìn)化選擇性地使免疫逃避的核心microRNA機(jī)器失活

發(fā)表期刊：Nat Commun

影響因子：14.913

發(fā)表時(shí)間：2021年12月1日

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癌細(xì)胞在腫瘤進(jìn)化過(guò)程中獲得了遺傳異質(zhì)性以逃避免疫監(jiān)視，但缺乏一個(gè)系統(tǒng)的方法來(lái)區(qū)分驅(qū)動(dòng)突變和“乘客”突變。本研究結(jié)合免疫編輯腫瘤的大規(guī)模平行測(cè)序和CRISPR文庫(kù)篩選，在同源小鼠腫瘤模型和共培養(yǎng)系統(tǒng)中研究不同免疫壓力對(duì)腫瘤克隆動(dòng)力學(xué)和免疫逃避機(jī)制的影響。研究發(fā)現(xiàn)核心microRNA（miRNA）的生物發(fā)生和靶向機(jī)制維持了癌細(xì)胞對(duì)不依賴(lài)PD-1的T細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性的敏感性。機(jī)制的遺傳失活或ANKRD52頻繁患者突變的重新引入抑制了癌細(xì)胞中的JAK-STAT-干擾素-γ信號(hào)傳導(dǎo)和抗原呈遞，主要是通過(guò)消除miR-155靶向SOCS1的沉默。在幾乎所有人類(lèi)癌癥類(lèi)型中，每個(gè)miRNA機(jī)器組件的表達(dá)與腫瘤內(nèi)T細(xì)胞浸潤(rùn)密切相關(guān)。本研究數(shù)據(jù)表明，癌細(xì)胞可以利用進(jìn)化保守的miRNA途徑來(lái)逃避T細(xì)胞介導(dǎo)的消除和免疫治療。

Fig5. miRNA機(jī)器調(diào)節(jié)癌癥內(nèi)在逃避T細(xì)胞攻擊的模型

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34853298/