Integrated lncRNA function upon genomic and epigenomic regulation
基因組和表觀基因組調(diào)控中整合的lncRNA功能
發(fā)表期刊：Mol Cell
影響因子：17.970
發(fā)表時(shí)間：2022年6月16日
盡管一些長(zhǎng)鏈非編碼（lnc）RNAs早在20世紀(jì)50年代就已被發(fā)現(xiàn)，但在過(guò)去的25年中，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了無(wú)數(shù)具有不同序列、結(jié)構(gòu)和功能的lncRNAs。高通量和靈敏技術(shù)的出現(xiàn)進(jìn)一步揭示了lncRNA-相互作用分子和lncRNAs表達(dá)模式的巨大異質(zhì)性。我們?yōu)閺V泛的lncRNAs家族提出了一個(gè)統(tǒng)一的功能主題。在初級(jí)水平上，基因表達(dá)的基因組程序是通過(guò)典型轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后mRNA組裝、轉(zhuǎn)換和翻譯來(lái)引發(fā)的。在此調(diào)控的基礎(chǔ)上，表觀基因組程序通過(guò)修改染色質(zhì)結(jié)構(gòu)以及DNA和RNA化學(xué)來(lái)完善基本的基因組控制。疊加在基因組和表觀基因組程序之上，lncRNAs創(chuàng)建了一個(gè)額外的調(diào)控維度：通過(guò)與調(diào)節(jié)細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中基因表達(dá)的蛋白質(zhì)和核酸相互作用，lncRNAs有助于建立強(qiáng)大、靈活和特異性的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。本文描述了我們目前對(duì)lncRNA協(xié)調(diào)控制蛋白質(zhì)程序和細(xì)胞命運(yùn)的理解，并討論了接下來(lái)25年lncRNA發(fā)現(xiàn)過(guò)程中面臨的挑戰(zhàn)和機(jī)遇。
Fig1. lncRNAs超基因組調(diào)控的概念總結(jié)
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35714586/
Chitosan-Gelatin-EGCG Nanoparticle-Meditated LncRNA TMEM44-AS1 Silencing to Activate the P53 Signaling Pathway for the Synergistic Reversal of 5-FU Resistance in Gastric Cancer
殼聚糖-明膠-EGCG納米顆粒介導(dǎo)的LncRNA TMEM44-AS1沉默激活P53信號(hào)通路協(xié)同逆轉(zhuǎn)胃癌的5-FU耐藥性
發(fā)表期刊：Adv Sci (Weinh)
影響因子：16.806
發(fā)表時(shí)間：2022年6月19日
化療耐藥是導(dǎo)致胃癌（GC）治療失敗的主要原因之一。最近的研究表明，lncRNAs在調(diào)節(jié)GC化學(xué)抗性中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。納米載體遞送小干擾RNA（siRNA）以沉默癌癥相關(guān)基因已成為癌癥治療研究的一種新方法。然而，尋找靶基因和開(kāi)發(fā)能夠選擇性遞送用于疾病治療的siRNA的納米系統(tǒng)仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)。本研究鑒定了一個(gè)與5-FU抗性相關(guān)的新型lncRNA TMEM44-AS1。TMEM44-AS1具有結(jié)合和充當(dāng)miR-2355-5p海綿的能力，導(dǎo)致PPP1R13L表達(dá)上調(diào)和P53通路抑制。接下來(lái)，開(kāi)發(fā)了一種名為殼聚糖-明膠-EGCG（CGE）的新型納米載體，它具有比lipo2000更高的基因沉默效率，以幫助傳遞si-TMEM44-AS1可以有效地沉默TMEM44-AS1表達(dá)以協(xié)同逆轉(zhuǎn)GC中的5-FU抗性，導(dǎo)致GC異種移植小鼠模型中的5-FU治療效果顯著增強(qiáng)。這些發(fā)現(xiàn)表明，TMEM44-AS1可以評(píng)估GC病例中的5-FU治療結(jié)果，并且全身si-TMEM44-AS1遞送聯(lián)合5-FU治療對(duì)復(fù)發(fā)性GC患者的治療具有重要意義。
Fig2. CGE/si-TMEM44-AS1復(fù)合物增加胃癌細(xì)胞對(duì)5-FU敏感性的作用機(jī)制示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35717675/
A long noncoding RNA promotes parasite differentiation in African trypanosomes
一種長(zhǎng)鏈非編碼RNA促進(jìn)非洲錐蟲(chóng)的寄生蟲(chóng)分化
發(fā)表期刊：Sci Adv
影響因子：14.136
發(fā)表時(shí)間：2022年6月17日
寄生蟲(chóng)布氏錐蟲(chóng)（Trypanosoma brucei）會(huì)導(dǎo)致非洲昏睡病，如果不治療，對(duì)患者來(lái)說(shuō)是致命的。寄生蟲(chóng)從復(fù)制的細(xì)長(zhǎng)形式分化為靜止的矮胖形式可促進(jìn)宿主存活和寄生蟲(chóng)傳播。已知長(zhǎng)鏈非編碼RNAs（lncRNAs）可調(diào)節(jié)其他真核生物的細(xì)胞分化。為了確定lncRNAs是否也參與寄生蟲(chóng)分化，本研究使用RNA測(cè)序?qū)?em>T. brucei基因組進(jìn)行了調(diào)查，鑒定出1428個(gè)以前未被鑒定的lncRNA基因。研究人員發(fā)現(xiàn)grumpy lncRNA是促進(jìn)寄生蟲(chóng)分化為靜止矮胖形態(tài)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子。這個(gè)功能是由grumpy lncRNA中編碼的小核仁RNA促進(jìn)的。snoGRUMPY與至少兩個(gè)矮胖的調(diào)控基因的信使RNA結(jié)合，促進(jìn)它們的表達(dá)。grumpy過(guò)表達(dá)減少了受感染小鼠的寄生蟲(chóng)血癥。本研究分析表明T. brucei lncRNAs調(diào)節(jié)寄生蟲(chóng)-宿主相互作用，并提供了一種grumpy調(diào)節(jié)錐蟲(chóng)細(xì)胞分化的機(jī)制。
Fig3. grumpy過(guò)表達(dá)促進(jìn)體內(nèi)過(guò)早分化成矮胖的形式并延長(zhǎng)小鼠的存活時(shí)間
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35704590/
Methodological considerations for circulating long noncoding RNA quantification
循環(huán)長(zhǎng)非編碼RNA定量的方法學(xué)考慮
發(fā)表期刊：Trends Mol Med
影響因子：11.951
發(fā)表時(shí)間：2022年6月11日
在過(guò)去十年中，大量資源投入到長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）研究中。盡管有可用的知識(shí)，但我們還遠(yuǎn)未將lncRNA納入臨床實(shí)踐。本文強(qiáng)調(diào)了該領(lǐng)域的技術(shù)挑戰(zhàn)，希望能引起回應(yīng)，從而形成新的共識(shí)和指導(dǎo)方針。
Fig4. 循環(huán)細(xì)胞游離長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）定量的考慮
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35701316/
A multifunctional locus controls motor neuron differentiation through short and long noncoding RNAs
一個(gè)多功能基因座通過(guò)短鏈和長(zhǎng)鏈非編碼RNAs控制運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元的分化
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發(fā)表期刊：EMBO J
影響因子：11.598
發(fā)表時(shí)間：2022年6月13日
從分裂祖細(xì)胞到有絲分裂后運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元（MNs）的轉(zhuǎn)變是由一系列事件協(xié)調(diào)完成的，這些事件主要通過(guò)分析特定編程轉(zhuǎn)錄因子的活性在轉(zhuǎn)錄水平上進(jìn)行研究。本研究確定了在這種轉(zhuǎn)變中含有l(wèi)ncRNA（lncMN2-203）和兩個(gè)miRNAs（miR-325-3p和miR-384-5p）的MN特異性轉(zhuǎn)錄單位（MN2）的轉(zhuǎn)錄后作用。通過(guò)使用體外mESC分化和CRISPR/Cas9突變體的單細(xì)胞測(cè)序，本研究證明lncMN2-203通過(guò)海綿化miR-466i-5p和上調(diào)其靶標(biāo)（包括參與神經(jīng)元分化和功能的幾個(gè)因子）來(lái)影響MN分化。同時(shí)，與lncMN2-203共同轉(zhuǎn)錄的miR-325-3p和miR-384-5p通過(guò)抑制增殖相關(guān)因子發(fā)揮作用。這些發(fā)現(xiàn)表明了MN2基因座的功能相關(guān)性，并舉例說(shuō)明了MN分化中額外的特異性調(diào)節(jié)層。
Fig5. 連接lncMN2-203、miR-466i-5p、mir-325-3p、miR-384-5p和MN分化的回路示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35698802/
