Biophysical characterisation of human LincRNA-p21 sense and antisense Alu inverted repeats

人LincRNA-p21正義義和反義Alu反向重復(fù)序列的生物物理表征

發(fā)表期刊：Nucleic Acids Res

影響因子：16.971

發(fā)表時(shí)間：2022年5月25日

人類基因間長鏈非編碼RNA-p21（LincRNA-p21）是一種調(diào)節(jié)性非編碼RNA，在促進(jìn)細(xì)胞凋亡中起重要作用。LincRNA-p21通過與p53抑制復(fù)合物的相互作用，在下調(diào)許多p53靶基因方面也起著關(guān)鍵作用。LincRNA-p21和抑制復(fù)合物之間的相互作用可能依賴于RNA三級(jí)結(jié)構(gòu)。之前的研究已經(jīng)使用SHAPE確定了人LincRNA-p21 AluSx1 IRs正義和反義的二維二級(jí)結(jié)構(gòu)。然而，對(duì)其三維結(jié)構(gòu)卻沒有深入的了解。因此，本研究在體外轉(zhuǎn)錄了LincRNA-p21 AluSx1反向重復(fù)序列（IRs）的正義和反義區(qū)域，并進(jìn)行了分析超速離心、尺寸排阻色譜、光散射和小角X射線散射（SAXS）研究。基于這些研究，研究人員確定了正義和反義LincRNA-p21的低分辨率三維結(jié)構(gòu)。通過調(diào)整之前已知的二維信息，研究人員計(jì)算了它們的正義和反義高分辨率模型，并確定它們與使用SAXS確定的低分辨率結(jié)構(gòu)一致。因此，本研究的綜合方法提供了對(duì)LincRNA-p21 Alu IRs結(jié)構(gòu)的深入了解。本研究還提供了一條可行的管道，用于將二級(jí)結(jié)構(gòu)信息與生物物理和計(jì)算研究相結(jié)合，以獲得長鏈非編碼RNA的高分辨率原子模型。

Fig1. Alu晶體片段與高分辨率LincRNA-p21正義和反義模型的重疊覆蓋

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35639511/

Long Non-Coding RNA and RNA-Binding Protein Interactions in Cancer: Experimental and Machine Learning Approaches

長鏈非編碼RNA和RNA結(jié)合蛋白在癌癥中的相互作用：實(shí)驗(yàn)和機(jī)器學(xué)習(xí)方法

發(fā)表期刊：Semin Cancer Biol

影響因子：15.707

發(fā)表時(shí)間：2022年5月25日

了解組成基因組大部分的非編碼RNAs（ncRNAs）所扮演的復(fù)雜和特定的作用，對(duì)于理解癌癥的幾乎每一個(gè)特征都很重要。這一大類分子在各種細(xì)胞過程的關(guān)鍵調(diào)節(jié)機(jī)制中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。長鏈非編碼RNA（lncRNA）和RNA結(jié)合蛋白（RBP）相互作用介導(dǎo)的調(diào)控機(jī)制在幾種類型的癌癥中得到了充分證明。它們的作用是通過影響lncRNA和RBP穩(wěn)定性的網(wǎng)絡(luò)、lncRNA代謝（包括m6A和可變剪接）、亞細(xì)胞定位以及許多其他與癌癥相關(guān)的機(jī)制來實(shí)現(xiàn)的。本文討論了lncRNAs和RBPs之間的相互作用，以及它們通過組蛋白修飾參與表觀遺傳調(diào)控，以及它們?cè)诳拱┲委熌退幮灾械年P(guān)鍵作用。RBPs的其他方面，包括它們的結(jié)構(gòu)域，提供了關(guān)于lncRNAs和RBPs如何相互作用和發(fā)揮其生物學(xué)功能的更深入的知識(shí)。此外，在機(jī)器和深度學(xué)習(xí)方法的推動(dòng)下，當(dāng)前先進(jìn)的知識(shí)更詳細(xì)地揭示了這種相互作用，以進(jìn)一步增強(qiáng)我們對(duì)該領(lǐng)域的理解，并討論了利用基于RNA的療法作為癌癥的替代治療模式的潛力。

Fig2. 癌癥中靶向LPIs（lncRNA-蛋白相互作用）的治療策略

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35643221/

A lncRNA signature associated with tumor immune heterogeneity predicts distant metastasis in locoregionally advanced nasopharyngeal carcinoma

一個(gè)與腫瘤免疫異質(zhì)性相關(guān)的lncRNA標(biāo)記可預(yù)測局部晚期鼻咽癌的遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移

發(fā)表期刊：Nat Commun

影響因子：14.919

發(fā)表時(shí)間：2022年5月30日

越來越多的證據(jù)揭示了長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）作為腫瘤生物標(biāo)志物的作用。本研究報(bào)道了一種免疫相關(guān)的9-lncRNA標(biāo)記，用于預(yù)測局部晚期鼻咽癌（LA-NPC）的遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移。通過微陣列分析鑒定9個(gè)lncRNAs，然后在訓(xùn)練隊(duì)列中使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行RT-qPCR驗(yàn)證和選擇（n=177）。這種9-lncRNA標(biāo)記將患者分為高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)組，它們遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的無病生存期存在顯著差異。廣州內(nèi)部（n=177）和桂林外部（n=150）隊(duì)列的驗(yàn)證產(chǎn)生了相似的結(jié)果，證實(shí)該標(biāo)記是遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的獨(dú)立風(fēng)險(xiǎn)因素，并且在鑒定具有高轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)的患者方面優(yōu)于基于解剖學(xué)的指標(biāo)。綜合分析表明，該9-lncRNA標(biāo)記與免疫活性和淋巴細(xì)胞浸潤相關(guān)，這已通過數(shù)字病理學(xué)得到驗(yàn)證。本研究結(jié)果表明，免疫相關(guān)的9-lncRNA標(biāo)記可以作為LA-NPC轉(zhuǎn)移預(yù)測的一個(gè)有前景的生物標(biāo)志物。

Fig3. 9-lncRNA標(biāo)記和臨床指標(biāo)用于轉(zhuǎn)移預(yù)測的性能

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35637194/

The long noncoding RNA ADIPINT regulates human adipocyte metabolism via pyruvate carboxylase

長鏈非編碼RNA ADIPINT通過丙酮酸羧化酶調(diào)節(jié)人類脂肪細(xì)胞代謝

發(fā)表期刊：Nat Commun

影響因子：14.919

發(fā)表時(shí)間：2022年5月26日

長鏈非編碼RNAs的多效性功能已被廣泛認(rèn)識(shí)，但它們?cè)谡{(diào)控代謝穩(wěn)態(tài)中的直接作用尚不清楚。本研究描述了一種人類脂肪細(xì)胞特異性lncRNA ADIPINT，其調(diào)節(jié)丙酮酸羧化酶，一種能量代謝中的關(guān)鍵酶。研究人員開發(fā)了一種方法，使用正交有機(jī)相分離鑒定靶標(biāo)RNA-蛋白，該方法確定了ADIPINT與丙酮酸羧化酶結(jié)合并用電子顯微鏡驗(yàn)證了這種相互作用。ADIPINT敲低會(huì)改變相互作用組，并降低了線粒體中丙酮酸羧化酶的豐度和酶活性。ADIPINT或丙酮酸羧化酶表達(dá)降低會(huì)降低脂肪細(xì)胞脂質(zhì)合成、分解和脂質(zhì)含量。在人類白色脂肪組織中，肥胖患者的ADIPINT表達(dá)增加，并與脂肪細(xì)胞大小、脂肪胰島素抵抗和丙酮酸羧化酶活性有關(guān)。因此，本研究將ADIPINT確定為人類白色脂肪細(xì)胞中脂質(zhì)代謝的調(diào)節(jié)因子，至少部分是通過其與丙酮酸羧化酶的相互作用介導(dǎo)的。

Fig4. ADIPINT-PC相互作用對(duì)脂肪細(xì)胞代謝影響的工作模型

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35618718/

A brain-enriched lncRNA shields cancer cells from immune-mediated killing for metastatic colonization in the brain

一個(gè)大腦富集的lncRNA保護(hù)癌細(xì)胞免受免疫介導(dǎo)的殺傷，從而在大腦中轉(zhuǎn)移定植

發(fā)表期刊：PNAS

影響因子：11.205

發(fā)表時(shí)間：2022年5月31日

目前治療選擇有限的腦轉(zhuǎn)移是晚期癌癥患者的常見并發(fā)癥，而乳腺癌腦轉(zhuǎn)移（B2BM）是主要類型之一。本研究報(bào)道了腦轉(zhuǎn)移致癌長鏈非編碼RNA（BMOR）是B2BM發(fā)展的一個(gè)關(guān)鍵的腦富集長鏈非編碼RNA。研究證明了BMOR允許B2BM細(xì)胞通過逃避大腦微環(huán)境中免疫介導(dǎo)的殺傷來定植在腦組織中。在分子水平上，BMOR結(jié)合并滅活B2BM細(xì)胞中的IRF3。最后，BMOR silencer可以有效抑制體內(nèi)腦轉(zhuǎn)移的發(fā)展。因此，本研究結(jié)果揭示了癌細(xì)胞在腦微環(huán)境中逃避免疫介導(dǎo)的殺傷以進(jìn)行腦轉(zhuǎn)移發(fā)展的一種方式，并針對(duì)B2BM建立了具有潛在靶向策略的治療靶點(diǎn)。

Fig5. 可藥化BMOR介導(dǎo)的作用機(jī)制示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35617432/