Nucleic Acids Res丨DIANA-miTED：microRNA組織表達(dá)數(shù)據(jù)庫

microRNAs（miRNAs）是一種短的（~23nt）單鏈非編碼RNAs，可作為有效的轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)調(diào)節(jié)因子。有關(guān)miRNA在細(xì)胞類型和組織中的表達(dá)和分布的信息對于理解它們的功能以及它們作為生物標(biāo)志物或治療靶點(diǎn)的轉(zhuǎn)化用途至關(guān)重要。DIANA-miTED是最全面和系統(tǒng)的miRNA表達(dá)值集合，源自對來自SRA（序列片段歸檔）和TCGA（癌癥基因組圖譜）的15183 個原始人類小RNA-Seq（sRNA-Seq）數(shù)據(jù)集的分析。元數(shù)據(jù)質(zhì)量最大限度地提高了表達(dá)圖譜的效用，因此研究人員手動整理了SRA和TCGA來源的信息，以提供一個全面和標(biāo)準(zhǔn)化的集合，包括總共199個組織、82個解剖亞位、267個細(xì)胞系和261種疾病。miTED提供了豐富的跨變量請求數(shù)據(jù)表達(dá)和樣本分布的即時可視化，以及研究范圍內(nèi)的圖表和圖形，從而支持高效的內(nèi)容探索。查詢還可生成指向最先進(jìn)miRNA功能資源的鏈接，相信miTED是表達(dá)檢索、探索、比較和下游分析的理想起點(diǎn)，而不需要生物信息學(xué)支持或?qū)I(yè)知識。DIANA-miTED可在http://www.microrna.gr/mited免費(fèi)獲得。

Fig1. DIANA-miTED開發(fā)流程

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34469540/

Mol Neurodegener丨功能性microRNA靶向組在視網(wǎng)膜中經(jīng)歷變性誘導(dǎo)的移位

背景：MicroRNA（miRNA）在包括年齡相關(guān)性黃斑變性（AMD）在內(nèi)的復(fù)雜神經(jīng)退行性疾病的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮著重要作用，通過與RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物（RISC）的關(guān)鍵成員argonaute 2（AGO2）結(jié)合發(fā)揮轉(zhuǎn)錄后基因抑制因子的作用。鑒定健康和疾病中的視網(wǎng)膜miRNA/mRNA相互作用將為miRNA調(diào)節(jié)疾病發(fā)病機(jī)制的關(guān)鍵途徑提供重要的見解，并可能導(dǎo)致潛在的治療靶點(diǎn)來介導(dǎo)視網(wǎng)膜變性。

結(jié)果：分析顯示健康和受損視網(wǎng)膜之間存在相似的miRnome，然而，隨著參與炎癥通路的miRNA富集，觀察到活性靶向組的移位。miR-124-3p（最豐富的視網(wǎng)膜AGO2結(jié)合miRNA，已知在調(diào)節(jié)視網(wǎng)膜炎癥中發(fā)揮作用）的種子結(jié)合區(qū)域的變化進(jìn)一步證明了這種移位。此外，光感受器簇miR-183/96/182都是與AGO2結(jié)合的最豐富的miRNA。損傷后，AGO2表達(dá)定位于視網(wǎng)膜內(nèi)層，并且在OLM中比在健康視網(wǎng)膜中表達(dá)更多，表明miRNA對視網(wǎng)膜損傷的定位反應(yīng)。

結(jié)論：這項(xiàng)研究為miRNA調(diào)節(jié)活性的改變提供了重要的見解，這是對視網(wǎng)膜變性的反應(yīng)。并探索了作為視網(wǎng)膜變性結(jié)果的miRNA-mRNA靶向組。在退化的視網(wǎng)膜背景下對這些miRNA/mRNA相互作用進(jìn)一步表征，可能為這些miRNA在AMD等疾病中發(fā)揮的積極作用提供重要見解。

Fig2. 前20個DR和PD視網(wǎng)膜AGO2結(jié)合miRNAs的網(wǎng)絡(luò)分析

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34465369/

Biomaterials丨MicroRNAs在肌腱損傷、修復(fù)和相關(guān)組織工程中的作用

肌腱損傷是最常見的肌肉骨骼疾病之一，可引起相當(dāng)高的發(fā)病率并嚴(yán)重影響患者的生活質(zhì)量。肌腱先天的有限再生能力給臨床醫(yī)生帶來了巨大的治療挑戰(zhàn)。MicroRNAs (miRNAs) 是一類小非編碼RNA家族，通過轉(zhuǎn)錄后調(diào)控在協(xié)調(diào)許多生物過程中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。越來越多的證據(jù)表明，基于miRNA的療法可以作為治療肌腱病變的創(chuàng)新策略。本文簡要介紹了miRNA的生物發(fā)生、miRNA在肌腱細(xì)胞生物學(xué)中的作用及其在肌腱損傷中的作用，然后總結(jié)了當(dāng)前肌腱組織工程中基于miRNA的方法，特別關(guān)注于減輕損傷后纖維化。接下來，討論了miRNA功能化支架在實(shí)現(xiàn)持續(xù)和局部miRNA給藥以最大限度地減少脫靶效應(yīng)方面的優(yōu)勢，從而希望以此啟發(fā)專門用于肌腱組織工程的有效miRNA遞送平臺的開發(fā)。研究人員設(shè)想基于miRNA的療法的進(jìn)步將預(yù)示著肌腱組織工程的新時代，并為肌腱疾病治療的臨床轉(zhuǎn)化鋪平道路。

Fig3. IL-33和miR-29a在肌腱疾病中的作用示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34488121/

Mol Ther丨從葡聚糖硫酸鈉攻擊中恢復(fù)的小鼠糞便miR-142a-3p通過促進(jìn)羅伊氏乳桿菌的生長來預(yù)防結(jié)腸炎

糞便中富含可塑造腸道微生物群的microRNAs（miRNAs）。這些miRNAs在健康和患病受試者的糞便中差異表達(dá)。然而，炎癥性腸病患者的糞便miRNAs是否參與調(diào)節(jié)微生物群組成以及它們是否具有任何有益作用，目前仍然未知。本文研究了葡聚糖硫酸鈉（DSS）誘導(dǎo)的結(jié)腸炎小鼠和恢復(fù)期小鼠的糞便微生物組組成和miRNA豐度，以探索不同miRNAs的表達(dá)、它們與微生物豐度的關(guān)系以及它們對結(jié)腸炎的影響。研究發(fā)現(xiàn)miR-142a-3p表達(dá)在結(jié)腸炎恢復(fù)小鼠的糞便中顯著增加，并能以微生物組依賴性方式減輕用DSS治療小鼠的疾病癥狀。具體而言，miR-142a-3p通過調(diào)節(jié)polA和基因座標(biāo)簽LREU_RS03575的轉(zhuǎn)錄本，促進(jìn)了羅伊氏乳桿菌的生長，羅伊氏乳桿菌在結(jié)腸炎恢復(fù)小鼠的糞便中具有較高的豐度。此外，羅伊氏乳桿菌及其代謝物羅伊氏菌素可以減輕DSS引起的疾病癥狀。這些結(jié)果強(qiáng)調(diào)了糞便miR-142a-3p在預(yù)防結(jié)腸炎中的作用。暗示從疾病中康復(fù)的受試者的糞便中可能富含對這些疾病具有預(yù)防作用的miRNAs。

Fig4. 結(jié)腸炎恢復(fù)小鼠糞便miR-142a-3p預(yù)防結(jié)腸炎的作用模型圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34450255/

J Am Soc Nephrol丨MicroRNA-23b-3p缺失誘導(dǎo)與粘膜IgA合成失調(diào)相關(guān)的IgA腎病樣疾病

背景：IgA腎?。↖gAN）是世界上最常見的原發(fā)性腎小球腎炎。循環(huán)免疫復(fù)合物容易在系膜中沉積，在那里引發(fā)腎小球炎癥。越來越多的證據(jù)表明，IgAN中microRNAs的異常表達(dá)可能在建立疾病表型中發(fā)揮重要作用。

結(jié)果：在人類中，IgAN患者腎活檢和血清中miR-23b水平下調(diào)，血清miR-23b水平與血清IgA1水平呈負(fù)相關(guān)。研究發(fā)現(xiàn)miR-23b-/-小鼠會出現(xiàn)系膜IgA和C3沉積的IgAN樣表型，與蛋白尿、高血壓、血清肌酐升高和粘膜IgA合成失調(diào)有關(guān)。IgA產(chǎn)生的失調(diào)可能是由miR-23b介導(dǎo)的黏膜B細(xì)胞活化誘導(dǎo)胞苷脫氨酶的抑制喪失所介導(dǎo)的。此外，研究發(fā)現(xiàn)miR-23b的缺失通過gremlin 2表達(dá)的調(diào)節(jié)缺失和轉(zhuǎn)鐵蛋白受體下調(diào)導(dǎo)致的IgA積累，增加了腎臟對進(jìn)行性纖維化的易感性。

結(jié)論：研究結(jié)果表明miR-23b在腎臟疾病，尤其是IgAN中起著不可或缺的作用。miR-23b可能在未來為IgAN的治療提供新的治療靶點(diǎn)。

?

?

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34479967/