Promoter and enhancer RNAs regulate chromatin reorganization and activation of miR-10b/HOXD locus, and neoplastic transformation in glioma

啟動(dòng)子和增強(qiáng)子RNAs調(diào)節(jié)染色質(zhì)重組和miR-10b/HOXD位點(diǎn)的激活，以及膠質(zhì)瘤的腫瘤轉(zhuǎn)化

發(fā)表期刊：Mol Cell

影響因子：17.970

發(fā)表時(shí)間：2022年3月29日

miR-10b在大腦的正常神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞中一般保持沉默，但在膠質(zhì)瘤中通常被激活，它在其中發(fā)揮重要的腫瘤促進(jìn)作用。本研究證明了整個(gè)承載miR-10b的HOXD位點(diǎn)通過(guò)涉及3D染色質(zhì)重組和CTCF-cohesin介導(dǎo)的成環(huán)的順式作用機(jī)制在神經(jīng)膠質(zhì)瘤中被激活。這種機(jī)制需要兩個(gè)相互作用的lncRNAs，HOXD-AS2和LINC01116，一個(gè)與HOXD3/HOXD4/miR-10b啟動(dòng)子相關(guān)，另一個(gè)與遠(yuǎn)程增強(qiáng)子相關(guān)。在神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞中敲低任何一個(gè)lncRNA都會(huì)改變CTCF和cohesin的結(jié)合，破壞染色質(zhì)成環(huán)，抑制HOXD位點(diǎn)內(nèi)所有基因的表達(dá)，并導(dǎo)致神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞死亡。相反，在皮質(zhì)星形膠質(zhì)細(xì)胞中，增強(qiáng)子激活足以進(jìn)行HOXD/miR-10b位點(diǎn)重組、基因去抑制和腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)化。LINC01116 RNA對(duì)于這一過(guò)程至關(guān)重要。本研究結(jié)果證明了兩個(gè)lncRNAs在染色質(zhì)折疊中的相互作用，以及協(xié)同調(diào)控miR-10b和多個(gè)HOXD基因在星形膠質(zhì)細(xì)胞中的正常沉默，并觸發(fā)腫瘤性膠質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)化。

Fig1. 膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中HOXD/miR-10b基因去抑制的機(jī)制模型

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35390275/

LINC01431 Promotes Histone H4R3 Methylation to Impede HBV Covalently Closed Circular DNA Transcription by Stabilizing PRMT1

LINC01431通過(guò)穩(wěn)定PRMT1促進(jìn)組蛋白H4R3甲基化以阻止HBV共價(jià)閉合環(huán)狀DNA轉(zhuǎn)錄

發(fā)表期刊：Adv Sci (Weinh)

影響因子：16.806

發(fā)表時(shí)間：2022年4月10日

共價(jià)閉合環(huán)狀DNA（cccDNA）是乙型肝炎病毒（HBV）的轉(zhuǎn)錄模板，它與宿主和病毒蛋白相互作用，在細(xì)胞核中形成微染色體，并對(duì)抗病毒藥物具有抗性。鑒定參與cccDNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控的宿主因子有望為HBV治療提供一個(gè)新的途徑。最近的證據(jù)表明，長(zhǎng)鏈非編碼RNAs（lncRNAs）參與介導(dǎo)宿主因子與各種病毒的相互作用。然而，HBV靶向并抑制cccDNA轉(zhuǎn)錄的lncRNAs尚未完全闡明。本研究將LINC01431鑒定為一種新型HBV轉(zhuǎn)錄宿主限制因子。機(jī)制上，LINC01431與PRMT1（I型蛋白精氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶）競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合，以阻斷HBx介導(dǎo)的PRMT1泛素化和降解。因此，LINC01431增加了PRMT1在cccDNA上的占有率，導(dǎo)致H4R3me2a修飾增強(qiáng)和cccDNA結(jié)合組蛋白的乙酰化減少，從而抑制cccDNA轉(zhuǎn)錄。反過(guò)來(lái)，為了促進(jìn)病毒復(fù)制，HBV通過(guò)HBx介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄因子ZHX2（鋅指和同源框2）的抑制來(lái)轉(zhuǎn)錄抑制LINC01431的表達(dá)。總的來(lái)說(shuō)，該研究證明LINC01431是cccDNA微型染色體的一種新型表觀遺傳調(diào)節(jié)因子，并突出了HBx-LINC01431-PRMT1在HBV復(fù)制中的反饋回路，這為HBV治療提供了潛在的治療靶點(diǎn)。

Fig2. LINC01431和PRMT1相互作用抑制HBV cccDNA轉(zhuǎn)錄的模型示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35398991/

Hypoxia-induced HIF-1α/lncRNA-PMAN inhibits ferroptosis by promoting the cytoplasmic translocation of ELAVL1 in peritoneal dissemination from gastric cancer

缺氧誘導(dǎo)的HIF-1α/lncRNA-PMAN通過(guò)促進(jìn)ELAVL1在胃癌腹膜播散中的胞質(zhì)易位來(lái)抑制鐵死亡

發(fā)表期刊：Redox Biology

影響因子：11.799

發(fā)表時(shí)間：2022年4月9日

腹膜轉(zhuǎn)移（PM）是胃癌（GC）遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的主要部位，預(yù)后和生存率極差。缺氧是腹膜轉(zhuǎn)移的共同特征，HIF-1α（缺氧誘導(dǎo)因子1α）的上調(diào)可能是PM發(fā)生的潛在驅(qū)動(dòng)因素。鐵死亡是最近發(fā)現(xiàn)的一種受調(diào)控的細(xì)胞死亡形式，與腫瘤的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)。然而，將HIF-1α與GC PM中的鐵死亡聯(lián)系起來(lái)的潛在機(jī)制仍然未知。本研究通過(guò)lncRNA微陣列和RNA文庫(kù)構(gòu)建/lncRNA-seq分析發(fā)現(xiàn)，lncRNA-PMAN在PM中高表達(dá)，并受到HIF-1α的顯著調(diào)節(jié)。 PMAN的上調(diào)與GC患者的不良預(yù)后和PM相關(guān)。PMAN被HIF-1α上調(diào)并通過(guò)促進(jìn)ELAVL1的細(xì)胞質(zhì)分布來(lái)提高SLC7A11 mRNA的穩(wěn)定性，這在RNA-pulldown/質(zhì)譜結(jié)果中得到了鑒定。SLC7A11的積累會(huì)增加l-谷胱甘肽（GSH）的水平并抑制GC細(xì)胞中活性氧（ROS）和鐵的積累。最后保護(hù)GC細(xì)胞免受Erastin和RSL3誘導(dǎo)的鐵死亡。本研究結(jié)果闡明了HIF-1α/PMAN/ELAVL1在GC細(xì)胞鐵死亡中的作用，并為GC中PM的潛在診斷生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)提供了理論支持。

Fig3. 缺氧時(shí)PMAN通過(guò)SLC7A11調(diào)節(jié)鐵死亡的模型示意圖

原文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213231722000842

LncRNA PCAT1 activates SOX2 and suppresses radioimmune responses via regulating cGAS/STING signalling in non-small cell lung cancer

LncRNA PCAT1通過(guò)調(diào)節(jié)非小細(xì)胞肺癌中的cGAS/STING信號(hào)激活SOX2并抑制放射免疫反應(yīng)

發(fā)表期刊：Clin Transl Med

影響因子：11.492

發(fā)表時(shí)間：2022年4月12日

背景：長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）PCAT1（前列腺癌相關(guān)ncRNA轉(zhuǎn)錄本1）在非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）中的表達(dá)增加。它刺激腫瘤生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移，但其在放射免疫反應(yīng)中的作用仍然未知。 本研究旨在探討PCAT1對(duì)NSCLC腫瘤發(fā)生和放射免疫反應(yīng)的影響以及潛在的分子機(jī)制。

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結(jié)果：PCAT1具有免疫抑制作用，與NSCLC的侵襲有關(guān)。PCAT1增加與NSCLC中的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)呈負(fù)相關(guān)。PCAT1敲低在體內(nèi)和體外抑制增殖、增加細(xì)胞凋亡和抑制細(xì)胞轉(zhuǎn)移。PCAT1激活SOX2，加速腫瘤發(fā)生和免疫抑制。SOX2通過(guò)抑制細(xì)胞毒性T細(xì)胞免疫促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)。此外，SOX2抑制cGAS轉(zhuǎn)錄并阻礙下游I型干擾素(IFN)誘導(dǎo)的免疫應(yīng)答。抑制PCAT1/SOX2協(xié)同放療可進(jìn)一步抑制腫瘤生長(zhǎng)，并啟動(dòng)cGAS/STING信號(hào)通路，從而增強(qiáng)NSCLC放療的免疫應(yīng)答。

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結(jié)論：PCAT1/SOX2軸通過(guò)抑制cGAS/STING信號(hào)介導(dǎo)的T細(xì)胞活化促進(jìn)腫瘤發(fā)生和免疫抑制。抑制PCAT1和SOX2與放療協(xié)同激活免疫反應(yīng)，可作為潛在的治療靶點(diǎn)。

Fig4. PCAT1通過(guò)調(diào)節(jié)NSCLC中的cGAS/STING信號(hào)以激活SOX2并抑制放射免疫反應(yīng)的潛在機(jī)制示意圖

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35415876/

LncRNA PMAT-PtoMYB46 module represses PtoMATE and PtoARF2 promoting Pb²⁺ uptake and plant growth in poplar

LncRNA PMAT-PtoMYB46組件抑制PtoMATE和PtoARF2以促進(jìn)楊樹(shù)中Pb²⁺的吸收和植物生長(zhǎng)

發(fā)表期刊：J Hazard Mater

影響因子：10.588

發(fā)表時(shí)間：2022年3月23日

鉛（Pb²⁺）是最具毒性的重金屬污染物之一。具有大量生物量的速生型木本植物是生物修復(fù)的理想選擇。然而，木本植物中Pb²⁺攝取的轉(zhuǎn)錄調(diào)控仍然不清楚。本研究在毛白楊（Populus tomentosa）中鑒定了226個(gè)Pb²⁺誘導(dǎo)的、差異表達(dá)的長(zhǎng)鏈非編碼RNAs（DELs）。功能注釋顯示，這些DELs主要通過(guò)其潛在的靶基因調(diào)節(jié)碳代謝、次生代謝物的生物合成、能量代謝和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)。關(guān)聯(lián)和上位性分析表明，lncRNA PMAT（Pb²⁺誘導(dǎo)的MATE（多藥和有毒化合物擠壓）反義lncRNA）與PtoMYB46上位相互作用以調(diào)節(jié)葉片干重、光合作用速率和轉(zhuǎn)酮酶活性。遺傳轉(zhuǎn)化和分子檢測(cè)表明，PtoMYB46通過(guò)PMAT直接或間接降低PtoMATE的表達(dá)，從而減少檸檬酸（CA）的分泌，最終促進(jìn)Pb²⁺的攝取。同時(shí)，PtoMYB46靶向ARF2（生長(zhǎng)素應(yīng)答因子2）并降低其表達(dá)，從而正向調(diào)節(jié)植物生長(zhǎng)。本研究結(jié)果表明PMAT-PtoMYB46-PtoMATE-PtoARF2調(diào)節(jié)模塊控制Pb²⁺耐受性、吸收和植物生長(zhǎng)。這項(xiàng)研究證明了lncRNAs參與響應(yīng)楊樹(shù)中的Pb²⁺，為開(kāi)發(fā)用于植物修復(fù)鉛污染土壤的遺傳改良木本植物品種的潛力提供了新的見(jiàn)解。

Fig5. Pb²⁺處理下毛白楊中涉及PMAT、PtoMYB46、PtoMATE和PtoARF2的Pb²⁺攝取和植物生長(zhǎng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型

原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35364535/