Liquid biopsy: Exosomal microRNAs as novel diagnostic and prognostic biomarkers in cancer
液體活檢：外泌體microRNAs作為癌癥的新型診斷和預(yù)后生物標志物
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發(fā)表期刊：Mol Cancer
影響因子：27.401
發(fā)表時間：2022年2月16日
背景：在臨床表現(xiàn)之前及早發(fā)現(xiàn)癌癥可能是降低癌癥死亡率的有效策略。因此，鑒定高效的液體活檢生物標志物可能是一種有前途的無創(chuàng)癌癥診斷方法。
正文：液體活檢越來越多地被用作活檢的補充，因為它可以在臨床和影像學確診前幾個月檢測到疾病進展。許多體液含有外泌體microRNAs（miRNAs），由于外泌體中miRNAs的穩(wěn)定性，可以為早期和微創(chuàng)癌癥診斷提供一類新的生物標志物。在這篇綜述中，作者主要關(guān)注外泌體miRNAs（液體活檢）作為各種癌癥診斷和預(yù)后的生物標志物。
結(jié)論：外泌體miRNAs可用作診斷和預(yù)后生物標志物，為各種惡性腫瘤的進展和治療反應(yīng)提供獨特的見解和更動態(tài)的視角。因此，開發(fā)利用外泌體miRNAs的新的和更靈敏的技術(shù)應(yīng)該是癌癥管理的優(yōu)先事項。
Fig1. miRNAs進入外泌體的分選機制
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35172817/
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Depth normalization of small RNA sequencing: using data and biology to select a suitable method
小RNA測序的深度歸一化：利用數(shù)據(jù)和生物學選擇合適的方法
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發(fā)表期刊：Nucleic Acids Res
影響因子：16.971
發(fā)表時間：2022年2月21日
深度測序已成為生物醫(yī)學研究中最流行的轉(zhuǎn)錄組分析工具之一。雖然存在大量用于“標準化”測序數(shù)據(jù)的計算方法，以消除由于實驗處理而導致的不必要的樣本間變化，但對于哪種標準化最適合給定數(shù)據(jù)集，目前尚無共識。為了解決這個問題，本研究開發(fā)了“DANA”，一種基于生物學驅(qū)動和數(shù)據(jù)驅(qū)動的指標用以評估m(xù)icroRNA測序數(shù)據(jù)標準化方法性能的方法。該方法利用眾所周知的microRNAs生物學特征，對其表達模式和染色體聚類進行同時評估（i）標準化如何有效地去除處理偽影以及（ii）標準化如何恰當?shù)乇Ａ羯镄盘?。通過DANA，本研究確認了八種常用歸一化方法在不同數(shù)據(jù)集之間的性能差異很大，并為給手頭的數(shù)據(jù)選擇合適的方法提供了指導。因此，應(yīng)該將其作為microRNA測序數(shù)據(jù)分析的常規(guī)預(yù)處理步驟（歸一化之前）。DANA是在R中實現(xiàn)并可在https://github.com/LXQin/DANA上公開獲得。
Fig2. TCGA-BRCA和TCGA-UCS聯(lián)合數(shù)據(jù)的歸一化評估
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35188574/
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EBV miRNAs BART11 and BART17-3p promote immune escape through the enhancer-mediated transcription of PD-L1
EBV miRNAs BART11和BART17-3p通過增強子介導的PD-L1轉(zhuǎn)錄促進免疫逃逸
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發(fā)表期刊：Nat Commun
影響因子：14.913
發(fā)表時間：2022年2月14日
據(jù)報道，愛潑斯坦-巴爾病毒（EBV）是最早發(fā)現(xiàn)的人類腫瘤病毒，與鼻咽癌（NPC）、胃癌（GC）及多種淋巴瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。PD-L1在EBV陽性NPC和GC組織中表達升高；然而，EBV依賴性促進PD-L1表達以誘導免疫逃逸的具體機制仍有待闡明。EBV編碼44個成熟的miRNAs。本研究發(fā)現(xiàn)EBV-miR-BART11和EBV-miR-BART17-3p在EBV相關(guān)NPC和GC中上調(diào)PD-L1的表達。此外，EBV-miR-BART11靶向FOXP1，EBV-miR-BART17-3p靶向PBRM1，F(xiàn)OXP1和PBRM1與PD-L1的增強子區(qū)域結(jié)合以抑制其表達。因此，EBV-miR-BART11和EBV-miR-BART17-3p分別抑制FOXP1和PBRM1，并增強PD-L1的轉(zhuǎn)錄（CD274，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/29126 )，從而促進腫瘤免疫逃逸，這為EBV相關(guān)腫瘤免疫治療的潛在靶點提供了見解。
Fig3. EBV-miR-BART11、EBV-miR-BART17-3p激活PD-L1促進腫瘤免疫逃逸的機制
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35165282/
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Brain-Penetration and Neuron-Targeting DNA Nanoflowers Co-Delivering miR-124 and Rutin for Synergistic Therapy of Alzheimer’s Disease
腦穿透和神經(jīng)元靶向的DNA納米花共同遞送miR-124和蘆丁以協(xié)同治療阿爾茨海默病
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發(fā)表期刊：Small
影響因子：13.281
發(fā)表時間：2022年2月19日
阿爾茨海默?。ˋD）是影響數(shù)百萬老年人癡呆癥的主要原因。盡管在對AD病理生物學的理解方面取得了重大進展，但尚無改善疾病的治療方法。MicroRNA-124（miR-124）是正常腦中最豐富的miRNA，具有改善AD樣病理的強大功效，而在AD腦中則是缺失的。本研究開發(fā)了一種基于DNA納米花（DFs）的遞送系統(tǒng)，以實現(xiàn)外源性補充miR-124用于AD治療。制備尺寸和形態(tài)可控的DFs，并通過雜交連接miR-124嵌合體。用RVG29肽進一步修飾DFs，以同時實現(xiàn)血腦屏障（BBB）穿透和神經(jīng)元靶向。同時，蘆丁作為一種小分子輔助藥物，通過嵌入雙鏈DNA區(qū)域，共同裝載到DFs結(jié)構(gòu)中。有趣的是，蘆丁可以協(xié)同miR-124抑制BACE1和APP的表達，從而實現(xiàn)對β淀粉樣蛋白生成的強烈抑制。該納米系統(tǒng)可以延長miR-124在體內(nèi)的循環(huán)，促進其BBB滲透和神經(jīng)元靶向，導致APP/PS1小鼠海馬中miR-124的顯著增加和體內(nèi)強大的治療效果。這種生物源性治療系統(tǒng)顯示出作為一種用于AD治療的生物相容性納米藥物的前景。
Fig4. Rutin@DF-miR-124/RVG29（RDMR）納米系統(tǒng)的制備及其在AD治療中的應(yīng)用示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35182016/
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miR-137 and miR-122, two outer subventricular zone non-coding RNAs, regulate basal progenitor expansion and neuronal differentiation
兩個外腦室下區(qū)非編碼RNAs miR-137和miR-122調(diào)節(jié)基底祖細胞擴張和神經(jīng)元分化
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發(fā)表期刊：Cell Rep
影響因子：9.423
發(fā)表時間：2022年2月15日
靈長類動物大腦皮質(zhì)擴張依賴于生發(fā)區(qū)在長期發(fā)育期間的擴大。盡管大多數(shù)哺乳動物有兩個皮質(zhì)生發(fā)區(qū)，即腦室區(qū)（VZ）和腦室下區(qū)（SVZ），但多腦回物種有一個額外的生發(fā)區(qū)，即外腦室下區(qū)（oSVZ），這增加了皮質(zhì)生成過程中產(chǎn)生的神經(jīng)元的數(shù)量和多樣性。oSVZ如何在進化過程中出現(xiàn)的還尚不清楚，但最近的研究表明非編碼RNAs的作用，允許在發(fā)育過程中進行嚴格的遺傳程序調(diào)節(jié)。本研究使用體內(nèi)功能遺傳學、單細胞RNA測序、體內(nèi)成像和電生理學來評估小鼠的祖細胞和神經(jīng)元特性，鑒定了兩種oSVZ表達的microRNAs（miRNAs），miR-137和miR-122，它們調(diào)節(jié)皮質(zhì)擴張的關(guān)鍵細胞特征。miR-137促進基底祖細胞自我復制和表層神經(jīng)元命運，而miR-122降低神經(jīng)元分化的速度。這些發(fā)現(xiàn)支持miRNA介導的基因表達在皮質(zhì)擴張中的細胞類型特異性作用。
Fig5. miR-137和miR-122調(diào)節(jié)基底祖細胞擴張和神經(jīng)元分化的模型示意圖
原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35172154/
